El 25 de noviembre de 1919, fue conducido al Teatro de los Héroes en Chihuahua. El proceso duró dieciséis horas. En sus declaraciones, afirmó: “No he dicho nada contra la Constitución; he predicado la fraternidad; he predicado una doctrina de conciliación y de amor. La gente muy poco entiende eso. Por desgracia, nuestro pueblo no está aún en la época en que deba hablársele de otra cosa que de lo contrario a todo lo que sea odio y venganza; por eso su infelicidad, por eso se preocupa muy poco por analizar el espíritu de las leyes que nos rigen, para comprender, cuando menos, los deberes y los derechos que le asisten. La democracia consiste en que cada uno se baste a sí mismo para que, en unión de los demás, pueda ser libre y, por tanto, disponer de libertad en su gobierno, en sus hechos, en su vida propia. Sé que me van a matar, pero también que mi muerte hará más por la causa democrática que todas las gestiones de mi vida, porque la sangre de los mártires fecundiza las grandes causas"
“A la medianoche del 25 de noviembre, tras varias horas deliberando, el Consejo condenó a muerte a Felipe Ángeles. Al escuchar el fallo, el general no se inmutó. Un silencio tenso cayó sobre los asistentes al Teatro de los Héroes. Ángeles fue llevado de vuelta a la prisión, donde ya le esperaba su última cena preparada en un restaurante de la ciudad. También se encontró con un flamante traje negro enviado por varias damas de sociedad. Mediaban algunas horas antes de su muerte y las pasó conversando. Cuando el sacerdote le preguntó si quería confesarse, Ángeles manifestó que no, ‘mejor que un confesor, debería estar aquí un filósofo que estudiara, en provecho de la humanidad, los últimos momentos de un hombre que teniendo amor a la vida no teme perderla’. Como última voluntad pidió papel y pluma. A unas horas de su ejecución los últimos pensamientos de su mente fueron para su compañera de toda la vida. Con calma tomó el banquillo de madera, se apoyó sobre la mesa que le había servido de escritorio los últimos días y escribió unas breves líneas donde entregaba su corazón antes de morir: ‘Adorada Clarita: Estoy acostado descansando dulcemente. Oigo murmurar la voz piadosa de algunos amigos que me acompañan en mis últimas horas. Mi espíritu se encuentra en sí mismo y pienso con afecto intensísimo en ti. Hago votos fervientes porque conserves tu salud. Tengo la más firme esperanza de que mis hijos serán amantisimos para ti y para su patria. Diles que los últimos instantes de mi vida los dedicaré al recuerdo de ustedes y les enviaré un ardientísimo beso’.
El general colocó la nota en un sobre y la entregó a uno de sus amigos para la entregara a su esposa. El destino lo impidió. Ángeles nunca supo que en los últimos meses la salud de su esposa se había deteriorado considerablemente. Consciente de su agonía, Clarita pidió papel y pluma para escribir una última carta a su marido. Sus últimos pensamientos serían para él. Moriría bajo la fe de Cristo y lamentaba dejar a un hombre viudo y a sus hijos huérfanos.
